正常状况下，口腔微生物与宿主口腔，是处于生态平衡的，但由于身体内外因素影响，会导致口腔内微生物菌群失调。牙周病和龋齿，就是口腔生态失调最常见的疾病，如果是滤过性病毒造成的感染，通常需要10天左右才会恢复。
免疫力低下、接受放化疗时口腔可能会溃疡
人在出生时，口腔是无菌的，但几小时、一天之内，口腔就开始出现一些菌群；以一个成年人来说，口腔中至少由30多类菌属，300多种菌种所组成。完整的口腔黏膜、牙龈组织虽然可以抵抗侵袭，但在口腔黏膜有所损伤、或治疗时，伤及牙龈沟底上皮组织或其他部位黏膜，都会致使微生物深入组织，造成感染。
最常见滤过性病毒的感染，是疱疹病毒，单边疼痛的带状疱诊，水痘等，但也有些溃疡，和肺结核、放射菌、急性坏死溃疡牙龈炎、以及性病有关，比方梅毒、淋病、艾滋病。特别是当人的免疫力低下、或接受化放疗医治中，要靠医师的明确诊断。
常见的嘴破是单纯性泡疹 通常两周可痊愈
如果造成口腔溃疡疼痛，是由水疱破裂所致，则潜伏的病因要适切的区别，以免误诊。口腔黏膜出现水疱的原因很多，可能是烫伤，也可能是口腔黏膜内的小唾液腺，受到咬伤而有唾液积聚成泡；也可能和滤过性病毒感染有关，最常见的是单纯性泡疹，口腔中常出现数个小水泡，通常持续10天到14天即可痊愈。
临床也看到不少水泡和自体免疫性皮肤疾病有关，如天疱疮、类天疱疮等，这些有不同程度的致命性。常见口腔有弥漫性溃疡，有时嘴唇、舌头或眼睛有严重水肿，叫作神经性血管水肿，病患者不但疼痛不堪，还可能因舌头肿大而吞咽因难。
药物过敏致嘴破 对症下药2天可改善http://www.wengzei.com
药物过敏也是口腔弥漫性溃疡原因之一，医师在诊断时，常询问是哪类药物引起？病人是否有特异性体质？治疗原则是先行停止引起过敏的药物，并针对过敏现象，给予抗组织胺药物，并可给予局部或全身性类固醇：只要对症下药，1、2天就会有明显的改善。
最常见的口腔滤过性病毒感染，是单纯性疱疹病毒第一型（HSV-1），其余疾病如带状疱疹、水痘、咽峡炎、手足口病等较少。也有溃疡和性病有关，如梅毒、淋病、艾滋病等；也有溃疡和肺结核、放射菌、急性坏死溃疡性牙龈炎有关，特别是免疫力低下时，较为可能。
当病人因为化学治疗或放射线治疗时，在口腔黏膜和皮肤，也常会有口腔溃疡，甚或合并有霉菌感染，一定要确定诊断。如果病人有吃槟榔、抽烟、喝酒等习性，其黏膜下纤维化、或白斑症、红斑症等之合并溃疡，须特别注意，是否有上皮细胞分化不良？或甚至已成原位癌、口腔癌等。
